对于ISO9001质量管理体系中不合格项的事实和证据内审员要做好记录，以便于查证。不合格项的事实要得到产生不合格项部门的负责人的确认。受审核部门如果对不合格项有意见分歧，审核组应向其做出耐心的解释，并提供相应的证据，也可以带受审核部门的代表到产生不合格项的地方去重新查证。
经审核组讨论决定，受审核部门确认的不符合项，由该审核员负责编写不合格报告。
一、不合格报告的主要内容
1、不符合实施的描述；
2、判为不符合项的理由；
3、不符合的审核准则及时对应的条款；
4、不符合项的性质；
5、审核员和受审核部门代表的签字。
二、编写不合格报告时的注意事项
1、要注意准确描述不符合的事实，包括时间、事件、人物（一般不直接写人名，而职务、工位号等）、地点；
2、力求精练，还要具有可重查性和可追溯性；具有可重查性和可追溯性就是要求将不符合事实发生的地点（车间、工段、部门）、设计的设备（设备号）、文件、记录（文件、记录日期与编号）、人员都描述清楚，便于重新查证。
3、判为不符合项的理由也要在事实的描述中自然带出，要注意便于受审核方理解和采取纠正措施。
4、不符合的事实要经过受审核方的确认。