环境管理体系认证由两个阶段组成，如何把握两阶段审核的不同点，是保证审核质量的关键，本文就两个阶段审核的区别与各位审核员进行一下探讨。
一般情况下，环境管理体系认证审核分两个阶段进行，只有特小型组织，可不进行第一阶段审核而直接进行第二阶段审核，在这里我们只对一般情况进行探讨。
一、审核的目的和任务
第一阶段的审核组长应首先对组织的一半管理体系文件进行审核，审查的内容包括手册、程序文件，以确定组织是否具备了接受审核的条件。
第一阶段审核主要有三个目的：
1、确定第二阶段审核的可行性和条件；
2、确定第二阶段审核的重点和方法；
3、确认审核范围；
4、确定第二阶段的审核时间。
第二阶段审核主要目的：
1、验证组织是否已实施了其环境方针、目标、指标并遵守了相应的程序；
2、组织的EMS是否符合标准要求，并能够实现组织的环境方针和目标。
二、审核的内容
第一阶段审核的内容：
1、了解组织的基本情况，如组织机构、产品、活动和服务的特点，过程及方式，现场分布情况，重要环境岗位情况；
2、结合现场情况对有关体系文件进行补充审核；
3、通过收集有关环境方针、目标、指标、管理方案及环境因素、相关的法律法规的情况，判断其体系策划的合理性；
4、收集并评审组织的内审信息，确认组织内审的可信度；
5、对组织别及评价环境因素程序进行评价；
6、对组织收集的法律法规的情况进行评价；
7、冥管理评审记录，证实管理评审已完成；
8、组织对盯关方建立了联络渠道及形成文件；
9、了解法规的遵守情况（是否在近期受到过行政处罚）。
第一阶段的审核重点在于组织环境管理体系策划的合理性和有效性以及自我完善和保障机制是否已经建立。