企业知识产权管理体系的理念是指整个管理体系的建立、健全和不断完善所需的指导思想和基本原则。一般来说，企业知识产权管理体系服务于企业的经营目标，企业知识产权管理体系要统一于企业的战略思想。只有为企业的经营目标服务，知识产权管理体系方能不失去方向感，企业才能从知识产权管理中获得价值，反过来进一步促进知识产权的不断发展。
(1)系统思维与目标管理的战略理念
系统思维要求企业家必须将知识产权纳入整个企业的战略、企业的使命、愿景、价值观等诸多方面进行系统考虑，而不是随随便便、应付国家号召之类，更不是短期行为。企业知识产权的积累、无形资产的管理是一个长期而艰巨的过程，只有勇于探索的企业才能获得丰厚回报。系统思维的同时，知识产权管理还要注入目标管理的理念。管理首先要制定目标。企业的目的只有一个：创造顾客。既然企业的目的是创造顾客，那么企业的基本功能只能有两项：市场营销和创新。
目标管理是一种开明和民主的管理方式。不断对目标提出质疑从根本上说是试图把握不断变化的社会需求。目标管理不像安装机器一样是一个机械的过程，而是一个有机的过程，类似于培育和浇灌树木。它的运行原则是导向具体目标的自我控制。德鲁克指出，目标管理的最大优点在于它能使人们用自我控制的管理来代替受他人支配的管理，激发人们发挥最大的能力把事情做好。
(2)专业管理与分工合作的管理理念
企业只有具备了明确的目标，并且在组织内部形成紧密合作的团队才能取得成功。但在实践过程中，不同的因素妨碍了团队合作。只有对目标做出精心选择后，企业才能生存、发展和繁荣。一个发展中的企业要尽可能满足不同方面的需求，这些需求和员工、管理层、股东和顾客相联系。目标管理可以培育团队精神和改进团队合作。如果一个领域没有特定的目标，这个领域必然会被忽视。如果没有方向一致的分目标指示每个人的工作，则企业的规模越大，人员越多，专业分工越细，发生冲突和浪费的可能性就越大。
(3)高效运作与保值增值的经营理念
创新可以被定义为一项赋予人力和物质资源以更新和更强创造财富的能力的任务，管理者必须把社会的需要转变为企业的盈利机会。