1、ISO22000与FSSC22000都可以用于组织的自我完善和日常管理规范检查的第一方审核，即内部审核。也可以用于作为组织对其供应商第二方审核的标准依据，当然也可以用于第三方认证。
2、ISO22000是一个食品安全管理体系标准，涵盖了系统化管理体系的全部特征，它可以指导食品链中的各类组织，按照最基本的管理要素要求建立以HACCP为原理的食品安全管理体系。FSSC22000是一个食品安全管理原理，只是针对产品流程风险评估的工具。
3、涵盖的范围不同，ISO22000覆盖了全部食品链的各类组织。FSSC22000只是针对生产、制造类企业，偏重于一个生产组织，并通过PAS220让体系实施者和体系评估者，找到了PRP的具体要求。
4、执行时的侧重点不同。ISO22000着重于食品链，在执行过程中更偏重于相互沟通、体系管理等。FSSC22000着重于单个组织，在执行过程中则更偏重于员工培训、文件控制、异物控制、产品放行等。