信息安全管理体系文件编制完成以后，组织应按照文件的控制要求进行审核与批准，并发布实施，至此，信息安全管理体系将进入运行阶段。体系运行初期一般称为试运行期或磨合期，在此期间体系运行的目的是要在实践中检验体系的充分性、适用性和有效性。在体系运行初期，组织应加强运作力度，通过实施其手册、程序和各种作业指导性文件等一系列体系文件，充分发挥体系本身的各项功能，及时发现体系策划本身存在的问题，找出问题根源，采取纠正措施，纠正各种不符合，并按照更改控制程序要求对体系予以更改，以达到进一步完善信息安全管理体系的目的。
有针对性地宣贯信息安全管理体系文件
体系文件的培训工作是体系运行的首要任务，培训工作的质量直接影响体系运行的结果。组织应根据培训工作计划的安排并按照培训程序的要求对全体员工实施培训。通过培训使全体员工认识到新建立或完善的信息安全管理体系是对过去信息安全管理体系的变革，是为了向国际先进的信息安全管理标准接轨，要适应这种变革和新管理体系的运行，就必须认真学习、贯彻信息安全管理体系文件。
实践是检验真理的唯一标准
体系文件通过试运行必然会出现一些问题，全体员工应将实践中出现的问题和改进意见如实反馈给有关部门，以便采取纠正措施。
将体系试运行中暴露出的问题，如体系设计不周、项目不全等进行协调、改进。
信息安全管理体系的运行涉及组织体系范围的各个部门，在运行过程中，各项活动往往不可避免的发生偏离标准的现象，因此，组织应按照严密、协调、高效、精简、统一的原则，建立信息反馈与信息安全协调机制对异常信息反馈和处理，对出现的问题加以改进，并保证体系的持续正常运行。
加强有关体系运行信息的管理，不仅是信息安全管理体系试运行本身的需要，也是保证试运行成功的关键。
所有与信息安全管理体系活动有关的人员都应按体系文件要求，做好信息安全的信息收集、分析、传递、反馈、处理和归档等工作。
信息安全体系文件属于组织的信息资产，包含有关组织的全部安全管理等敏感信息，组织应按照信息分类的原则对其进行分类、进行密级标注并实行严格的安全控制，未经授权不得随意复制或借阅。