甲级和乙级在审查时的流程也有所不同。
涉密信息系统集成资质甲级审查流程如下：
（1）申请单位下载并填写相应的《涉密信息系统集成申请书》及书面审查表；
（2）提交材料；
（3）书面审查；
（4）现场审查；
（5）专家评审；
（6）召开审批会；
（7）申请单位主要负责人经保密培训合格，签订保密责任书；
（8）颁发证书，向社会公布。
涉密信息系统集成资质乙级审查流程如下：
（1）申请单位下载并填写申请书、准备申请资料，提交工商注册地的省、自治区、直辖市保密行政管理部门，进行材料审
查；
（2）申请单位填写《涉密信息系统集成资质书面审查表》，提交省、自治区、直辖市保密行政管理部门或其委托的审查机
构；
（3）省、自治区、直辖市保密行政管理部门或其委托的审查机构对申请材料进行书面审查；
（4）省、自治区、直辖市保密行政管理部门或其委托的审查机构对申请单位进行现场审查；
（5）组织专家评审；
（6）出具审查报告，提交资质办审核；
（7）资质管理委员会讨论表决，确定授予资质的单位；
（8）省、自治区、直辖市保密行政管理部门将确定授予的乙级资质单位报国家保密行政管理部门备案；
（9）申请单位主要负责人经保密培训合格、签订保密责任书后，向其颁发证书；
（10）向社会公告。